以下のようにして変数に改行を含んだ文字列を格納することはできません。
<script type="text/javascript">
//<![CDATA[
var num = "1
2
3";
alert(num);
//]]>
</script>
上記のようにするとエラーとなります。
こういった場合は、改行の前に「¥」を付けることで可能になります。
<script type="text/javascript">
//<![CDATA[
var num = "1¥
2¥
3";
alert(num);
//]]>
</script>
このようにすることで、正しくJavaScriptを実行することができます。
ちなみにですが、PHPから値を受け取る場合は以下のようにします。
<script type="text/javascript">
//<![CDATA[
var num = "<?php echo str_replace(array("¥r¥n","¥r","¥n"), "¥¥n",$num;?>";
alert(num);
//]]>
</script>